La gouvernance de Transitions Pro est assurée par un conseil d’administration paritaire composé de représentations syndicales employés et employeurs. La Présidence de Transitions Pro Grand Est est actuellement pilotée par Marius GERMINAL, représentant de la CFDT, et la vice-présidence par Michel KLEIN, représentant du MEDEF.
Le réseau des 17 Transitions Pro est coordonné par Certif’Pro, l’association nationale pour la certification paritaire interprofessionnelle et l’évolution professionnelle.